Chính sách mới về Thuế Phí Lệ Phí hiệu lực từ tháng 3/ 2025

Từ ngày 1/3/2025, nhiều chính sách quan trọng liên quan đến Thuế Phí Lệ phí sẽ chính thức có hiệu lực, tác động trực tiếp đến cả doanh nghiệp và cá nhân. Đặc biệt, ba văn bản pháp luật mới—Nghị định 20/2025/NĐ-CP, Thông tư 06/2025/TT-BTC và Thông tư 01/2025/TT-BCT—sẽ mang đến nhiều điều chỉnh quan trọng mà các tổ chức, cá nhân cần nắm rõ để đảm bảo tuân thủ pháp luật và tối ưu hóa nghĩa vụ tài chính. Hãy cùng tìm hiểu chi tiết những thay đổi đáng chú ý Thuế Phí Lệ Phí trong các văn bản này.

1. Ba văn bản mới về Thuế, Phí, Lệ phí có hiệu lực từ tháng 3/2025

Dưới đây là thông tin chi tiết về ba văn bản quan trọng liên quan đến Thuế Phí Lệ phí có hiệu lực từ tháng 3/2025:

(1) Nghị định 20/2025/NĐ-CP sửa đổi Nghị định 132/2020/NĐ-CP về quản lý thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết

Chính phủ đã ban hành Nghị định 20/2025/NĐ-CP vào ngày 10/02/2025, bổ sung và điều chỉnh một số nội dung trong Nghị định 132/2020/NĐ-CP liên quan đến quản lý thuế đối với các doanh nghiệp có giao dịch liên kết.

• Thời điểm có hiệu lực: Ngày 27/3/2025, áp dụng cho kỳ tính thuế thu nhập doanh nghiệp từ năm 2024.
• Nội dung sửa đổi:
  • Điều chỉnh quy định liên quan đến các bên có quan hệ liên kết (sửa đổi điểm d, k và bổ sung điểm m khoản 2 Điều 5 của Nghị định 132/2020/NĐ-CP).
  • Bổ sung trách nhiệm của Ngân hàng Nhà nước trong việc cung cấp thông tin và kiểm soát giao dịch liên kết (sửa đổi khoản 2 Điều 21).
  • Thay thế Phụ lục 1 về thông tin quan hệ liên kết và giao dịch liên kết bằng phụ lục mới đính kèm Nghị định 20/2025/NĐ-CP.

>>> Xem thêm: Dịch vụ báo cáo thuế

Quy định chuyển tiếp về chi phí lãi vay từ kỳ tính thuế 2020 – 2023:

• Trường hợp không có quan hệ liên kết: Các khoản chi phí lãi vay chưa được trừ từ các kỳ trước (tính đến cuối năm 2023) sẽ được phân bổ dần vào các kỳ tính thuế tiếp theo.
• Trường hợp có quan hệ liên kết: Việc xử lý chi phí lãi vay không được trừ sẽ tuân theo quy định tại điểm b khoản 3 Điều 16 Nghị định 132/2020/NĐ-CP.

(2) Thông tư 06/2025/TT-BTC sửa đổi quy định về Phí, Lệ phí

Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư 06/2025/TT-BTC vào ngày 24/01/2025, có hiệu lực từ ngày 10/3/2025. Thông tư này điều chỉnh một số quy định về tổ chức thu, mức thu, chế độ thu nộp và quản lý Phí, Lệ phí trong các lĩnh vực du lịch, nuôi trồng thủy sản và giao thông vận tải.

• Điểm nổi bật:
  • Làm rõ cơ quan nhà nước có thẩm quyền trong việc thẩm định, cấp giấy phép và thu phí, lệ phí.
  • Điều chỉnh mức thu phí và lệ phí để phù hợp với thực tiễn và quy định pháp luật hiện hành.

(3) Thông tư 01/2025/TT-BCT về hạn ngạch thuế quan nhập khẩu muối và trứng gia cầm năm 2025

Thông tư 01/2025/TT-BCT được ban hành vào ngày 15/01/2025 và có hiệu lực từ 02/03/2025 đến hết ngày 31/12/2025. Nội dung chính của thông tư quy định hạn ngạch thuế quan nhập khẩu đối với một số mặt hàng như muối và trứng gia cầm.

• Chỉ tiêu nhập khẩu:
  • Muối: 92.400 tấn
  • Trứng gia cầm (trứng gà, vịt, ngan…): 72.104 tá mỗi loại
• Mục tiêu: Kiểm soát nhập khẩu, đảm bảo cân đối cung cầu, góp phần ổn định thị trường trong nước.

Ngoài ra, một điểm đáng chú ý khác liên quan đến Lệ phí trước bạ xe ô tô điện: Theo Nghị định 10/2022/NĐ-CP, từ ngày 1/3/2025, mức thu lệ phí trước bạ lần đầu đối với ô tô điện chạy pin sẽ bằng 50% mức thu đối với xe chạy xăng, dầu có cùng số chỗ ngồi. Việc tuân thủ và cập nhật các quy định về Thuế Phí Lệ Phí này là cần thiết để đảm bảo doanh nghiệp và người dân thực hiện đúng nghĩa vụ tài chính theo quy định pháp luật.

2. Nguyên tắc áp dụng giao dịch liên kết theo quy định pháp luật

Theo Nghị định 132/2020/NĐ-CP, nguyên tắc quản lý giao dịch liên kết trong lĩnh vực Thuế Phí Lệ Phí được quy định nhằm đảm bảo tính minh bạch và công bằng trong kê khai, nộp thuế của doanh nghiệp.

• Người nộp thuế có giao dịch liên kết phải loại trừ các yếu tố làm giảm nghĩa vụ thuế do quan hệ liên kết chi phối, tác động để kê khai, xác định nghĩa vụ thuế đối với các giao dịch liên kết tương đương với các giao dịch độc lập có cùng điều kiện.
• Cơ quan thuế quản lý, kiểm tra, thanh tra đối với giá giao dịch liên kết của người nộp thuế theo nguyên tắc giao dịch độc lập và bản chất hoạt động, giao dịch quyết định nghĩa vụ thuế tương ứng với giá trị tạo ra từ bản chất giao dịch, hoạt động sản xuất, kinh doanh của người nộp thuế, không công nhận các giao dịch liên kết không theo nguyên tắc giao dịch độc lập làm giảm nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp với ngân sách nhà nước và thực hiện điều chỉnh giá giao dịch liên kết đó để xác định đúng nghĩa vụ thuế quy định của Nghị định 132/2020/NĐ-CP.

Tuân thủ đúng nguyên tắc này không chỉ giúp doanh nghiệp thực hiện nghĩa vụ Thuế Phí Lệ Phí đúng quy định mà còn giảm thiểu rủi ro về xử phạt do vi phạm chính sách thuế trong các giao dịch liên kết.

>>> Xem thêm: Dịch vụ dọn dẹp sổ sách kế toán

3. Trường hợp nào được miễn kê khai và lập hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết?

Theo quy định tại Điều 19 Nghị định 132/2020/NĐ-CP, một số trường hợp người nộp thuế được miễn kê khai hoặc miễn lập hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết khi đáp ứng các điều kiện cụ thể. Đây là một nội dung quan trọng liên quan đến Thuế, Phí, Lệ Phí mà doanh nghiệp cần nắm rõ để thực hiện đúng nghĩa vụ thuế theo quy định.

Các trường hợp được miễn kê khai về Thuế, Phí, Lệ Phí bao gồm:

• Doanh nghiệp chỉ phát sinh giao dịch với các bên liên kết là tổ chức nộp thuế tại Việt Nam, cùng áp dụng mức thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp và không có bên nào được hưởng ưu đãi thuế. Mặc dù được miễn kê khai giao dịch liên kết, doanh nghiệp vẫn cần kê khai căn cứ miễn trừ theo hướng dẫn tại Phụ lục I kèm theo Nghị định 132/2020/NĐ-CP.
• Doanh nghiệp có tổng doanh thu trong kỳ tính thuế dưới 50 tỷ đồng và tổng giá trị tất cả các giao dịch liên kết phát sinh trong kỳ dưới 30 tỷ đồng.
• Doanh nghiệp đã ký kết Thỏa thuận trước về phương pháp xác định giá tính thuế (APA) và thực hiện đầy đủ nghĩa vụ báo cáo thường niên theo quy định pháp luật về APA.

Các trường hợp được miễn lập hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết liên quan đến Thuế, Phí, Lệ Phí:

• Doanh nghiệp hoạt động với chức năng kinh doanh đơn giản, không phát sinh doanh thu hay chi phí từ việc khai thác, sử dụng tài sản vô hình, có doanh thu dưới 200 tỷ đồng/năm và đạt tỷ suất lợi nhuận tối thiểu theo quy định. Cụ thể:
  • Ngành phân phối: Tỷ suất lợi nhuận thuần từ 5% trở lên
  • Ngành sản xuất: Từ 10% trở lên
  • Ngành gia công: Từ 15% trở lên

Nếu doanh nghiệp theo dõi riêng doanh thu nhưng không tách riêng được chi phí cho từng lĩnh vực, chi phí sẽ được phân bổ theo tỷ lệ doanh thu để xác định mức lợi nhuận tương ứng. Trường hợp không thể xác định được chính xác lợi nhuận thuần theo từng lĩnh vực, doanh nghiệp sẽ áp dụng mức tỷ suất lợi nhuận cao nhất.

Doanh nghiệp không đáp ứng các điều kiện miễn kê khai hoặc miễn lập hồ sơ giao dịch liên kết theo quy định về Thuế Phí Lệ Phí thì phải thực hiện đầy đủ các nghĩa vụ kê khai, báo cáo theo quy định pháp luật hiện hành.

>>> Xem thêm: Dịch vụ kế toán thuế trọn gói